使用范围不同：文件是公文书信或指有关政策、理论等方面的文章。
函是一种平行文，不能用于上下级机关。分类不同：文件：
1、按性质和用途分为系统文件、用户文件、库文件。
2、按文件的逻辑结构分为流式文件、记录式文件。
3、按信息的保存期限分为临时文件、永久性文件、档案文件。
4、按文件的物理结构分为顺序文件、链接文件、索引文件、HASH文件、索引顺序文件。
5、按文件的存取方式分为顺序存取文件、随机存取文件。函：
1、按性质分，可以分为公函和便函两种。
2、按发文目的分，函可以分为发函和复函两种。
3、从内容和用途上，还可以分为商洽事宜函，通知事宜函，催办事宜函，邀请函、请示答复事宜函，转办函，催办函，报送材料函等等。
