由于我国各地自然环境的差异，各地的鱼类区系组成也有一定的差异。
按照鱼类生态环境和鱼种的差异，可将全国划分为六大鱼区。
（1）东北鱼区。鱼类耐寒性强，以冷水性鱼类为主，共100余种。有代表性的是鲑鱼类，包括哲罗鱼、细鳞鱼、乌苏里鲑及麻哈鱼，还有江鳕鱼等。
（2）华北鱼区。主要包括黄河中下游、辽河、海河等水域。本区径流量小，湖泊水面少，河流含沙量大，不利于鱼类生活，鱼种少，以温水性鱼类为主。主要有鲤、鲫、蝗、赤眼鳟、红鲌鱼、中华细鳊、鲇等。
（3）华中鱼区。主要属长江流域。这里河网密布，湖泊众多，水温较高，饵料丰富，鱼种多达260余种，以温水静水性鱼类为主。主要有鮠、鳊、鲴、鲢、青、草、鲚、鲥、香、银等鱼类，还有中华鲟、白鳄。
（4）华南鱼区。包括浙闽东部、台湾、粤桂南部、滇南。该区发育了南方型的暖水性鱼系，鱼种丰富。主要有鲮、鲇、鮠、鳊、鳃、青、草、鲥等鱼类。
（5）宁蒙鱼区。主要包括内蒙古高原内陆水域和河套地区的水域，是一个与周围联系很少的淡水鱼区。该区种类贫乏，主要有鲤、鲫、麦穗鱼、铜鱼、赤眼鳟等。
（6）华西鱼区。包括新、青、藏、甘的全部和川西、滇北地区。区内大部分地区地势高耸，气候寒冷干燥。鱼类以冷水底栖型的裂腹亚科和条鳅亚科为主。
