一、级别不同。
学部是超越学院层次的一种开放式跨学科组织。综合性大学里，学科相近的不同学院被整合在一起，形成“学部”。学院包含两层意思，第一种是的是比大学规模较小的高校，通常学科门类相对较少的高校，这类高校下面还可设立二级学院和系。第二种是在大学中设置的二级学院，学院一般包含多个相近的学科专业或学系。系是高学校按照专业性质设置教学行政组织。级别上一般低于学院，一个系一般设一个或几个性质相近的专业。一般两至三个系组成一个学院，也有规模较大与学院平级的直属系。
二、规模不同。一般来说，在规模上呈现学部＞学院＞系的情形。
三、中外高校设置不同学部制起源于欧洲，在欧美及日本大部分著名高校均采用学部制，逐渐形成类似大学——学部——系——研究所的高校学术组织架构。在中国，大陆学校中少有设置学部的情况，多为大学——学院（直属系）——系——实验室的学术组织架构。
