1、净度不同宝石和水晶的净度不同，水晶的存世量和开采量较大，且较为常见，市场上对水晶品质的要求较为严苛，水晶的包裹体种类较多。
人们通常对宝石的净度没有严苛的要求，宝石的净度一般较好。
2、含义不同宝石和水晶的含义不同，两者之间有明显的差别，水晶是具体的一种物质，在自然界中较为常见，而宝石的定义宽泛并不具体，通常指经过打磨抛光等加工雕刻制作而成的珠宝玉石，不单指某一类物质。
3、产地不同宝石和水晶的产地不同，不同宝石的产地不同，且宝石的概念较为宽泛，以钻石为例，钻石的产地主要分布在澳大利亚、南非、俄罗斯和加拿大等国，而水晶主要产自中国、美国、巴西、加拿大等国。
