莆田卤面和闽南卤面在以下三个方面存在差异：制作工艺：莆田卤面和闽南卤面在制作工艺上有所不同。
莆田卤面是用肉丝、香菇丝、豆腐丝等佐料与面条一同烹饪而成，而闽南卤面则是在面条中加入一些酱油等调味料煮熟。口感和味道：莆田卤面口感较为清爽，汤汁粘稠，而闽南卤面则口感较为浓郁，汤汁较稀。
此外，闽南卤面通常会加入一些肉酱等调味料，因此吃起来会有一种肉香味。地域差异：莆田卤面是福建莆田地区的一道特色小吃，而闽南卤面则是福建南部地区的一道特色小吃。虽然它们都发源于福建，但由于地域差异，在口味和做法上有所不同。总的来说，无论是莆田卤面还是闽南卤面，它们都是福建地区的传统美食，具有浓郁的地方特色。
