区别如下。
行政村是中国基层群众性自治单位,是从管理层面上讲的,一个行政村设有一个农村党支部或党总支,设有一个村委会,可以分为几个村民组;自然村是自然形成的居民聚居点,是人们在生产和生活中自然聚集在一起居住的村落,中国的农村多是聚族而居,一般情况下一个村由一个至几个姓氏构成,互相有血缘关系或亲情关系,人们之间按辈份称呼,异姓之间又会排出街坊辈。职能和权力不同。行政村设村党支部和村委会行政机构,是农村政权最基层的一级组织,有相应的管理职责和权力。自然村通常是设村民小组,而村民小组没有行政职能和权力,不设任何基层行政机构,可设自发性的民间组织,比如:村民红白事理事会等。自然村是由村民经过长时间聚居而自然形成的村落。行政村是乡政府管理的一个村级行政单位,一般由一个大一些或几个小一些的自然村组成。隶属关系不同:自然村隶属于行政村。自然村受行政村村委会和村党支部的管理和领导。管理不同:行政村的管理实行的是村民自主管理,权利在于村民委员会。而自然村不存在村民委员会。