不同元素最本质的区别在于它们的原子结构和化学特性。
元素是由具有相同原子序数（即原子核中质子的数量）的原子组成的。每个元素的原子核中都含有一定数量的质子，而质子的数量决定了元素的原子序数和元素的身份。另外，原子核中还含有中子，它们的数量可以不同，所以同一个元素也可以存在不同的同位素（同位素的质子数相同，但中子数不同）。除了原子核，元素的核外层还存在电子，它们决定了元素的化学性质。元素的化学性质体现在元素之间的化学反应中。不同元素间的化学反应会导致化学键的形成和断裂，以及原子之间的电子转移或共享。这些化学反应会导致元素以不同的化合物形式存在，而不同化合物就表现出不同的化学性质。
此外，由于每个元素在原子核中的质子数是不同的，所以它们的原子量也不同。原子量是元素质量的加权平均值，元素的质量取决于质子和中子的数量。因此，从原子结构和化学特性上来说，不同的元素在最本质的区别在于它们的原子核的构成（质子和中子的数量）以及原子外层电子的排布。这些差异决定了不同元素的性质和在化学反应中的行为。
