1. 博物馆的规模和级别有区别云南省博物馆位于昆明市广福路6393号，占地面积150亩、建筑面积6万平方米、展厅面积达16500平方米，是国家一级博物馆。
昆明市博物馆位于昆明市拓东路93号，占地面积2万平方米，为地志性的综合博物馆（属国家三级博物馆）。
2018年9月，经中国博物馆协会决定同意昆明市博物馆为国家二级博物馆。
2. 馆藏文物的数量和级别有区别云南省博物馆藏各种文物20万余件套。昆明市博物馆收藏动物化石、古人类化石、石器、青铜器、书画、瓷器、民族文物、近现代文物近2万件。
3.展览的主题有区别云南省博物馆展览方面主要有六大基本陈列，讲述了从古至今云南大地的悠久历史。专题展展示了云南省博物馆藏的精品瓷器。昆明市博物馆内设六个专题展览，主要是古滇地区青铜文化展、昆明地藏寺大理国经幢、恐龙化石展、清代云南名家扇面精品展、馆藏明代民窑青花瓷等。
4. 建筑风格有区别云南省博物馆新馆主体平面呈回字形，取意于云南”一颗印“式传统民居建筑；外观颜色为红铜色，意在体现云南“有色金属王国”的美称；整个博物馆的外立面凹凸不平，贯穿多层的狭长缝造型，代表了云南比较特殊的喀斯特地貌，蕴含石林风化体态，它们的特点便是大自然鬼斧神工创造的千奇百怪的地质面貌，散发自然风采。昆明市博物馆整体建筑风格融合了盝形顶、通天柱、斗拱等中国古代建筑文化元素，显得古朴、大方，庄重、典雅。所在地为地藏寺旧址，故名“地藏寺经幢”，俗称“古幢”。
