1971年，国家决定将上海交通大学机车车辆系以及同济大学铁道工程专业并入上海铁道学院，更名为华东交通大学，迁往江西。
1973年，上海铁道学院与同济大学、上海交通大学有关合并专业的招生任务以“华东交通大学”校名下达，录取的新生到原上海铁道学院报到，这是以“华东交通大学”名义进行的第一次招生。1975年，华东交通大学申请工业与民用建筑专业列入正式招生计划，这是学校在南昌筹建当中的第一次招生。1978年，中央同意原上海铁道学院不再搬迁，华东交通大学继续在南昌建校，由原铁道部和江西省双重领导，以原铁道部为主。1993年，学校被国务院学位委员会批准为硕士学位授予单位，会计学、交通信息工程及控制专业成为学校第一批硕士学位授权点。
2000年，学校转制为“中央与地方共建、以地方管理为主”，为江西省重点加强建设的五所高等院校之一。
2001年3月1日，江西省煤炭技工学校、江西省煤炭工业干部学校、江西省煤炭职工中等专业学校并入华东交通大学，江西省煤炭仓库并入华东交通大学。
2002年7月，江西省教育厅批准学校试办软件学院。
2003年12月24日，南昌铁路机械学校成建制一次性整体移交给华东交通大学主管。
2006年3月8日，学校成立“华东交通大学国防生学院”。
4月29日，华东交通大学艺术学院成立。同年，入选国家大学生文化素质教育基地。
2010年8月，学校被正式确定为新增开展硕士推免生工作高校。
2011年4月26日，华东交通大学马克思主义学院成立。9月，学校获选为教育部第二批“卓越工程师教育培养计划”高校。
2013年5月，学校被教育部评为“全国毕业生就业典型经验高校”。
6月，学校和江西省交通干部学院签署了联合招收培养硕士研究生协议。8月，学校成为博士学位授予单位。
2015年11月，江西省教育厅发布《华东交通大学章程》。
2016年，学校入选国家“中西部高校基础能力建设工程”。
2017年3月，中国国家铁路集团有限公司同意与江西省人民政府共建华东交通大学。
7月，中国国家铁路集团有限公司和江西省人民政府正式签署合作共建华东交通大学协议。
2018年3月，华东交通大学成为高速列车系统集成国家工程实验室合作单位。9月12日，国家铁路局与江西省人民政府正式签署合作共建华东交通大学协议。
