上海海事大学几经更名，学校前身为创建于1909年7月的晚清邮传部上海高等实业学堂船政科，开创了中国高等航海教育的先河。
历经邮传部高等商船学堂、吴淞商船学校、交通部吴淞商船专科学校、重庆商船专科学校、国立吴淞商船专科学校、上海航务学院等时期。1959年交通部组建上海海运学院；2004年经教育部批准更名为上海海事大学。
2008年上海海事大学主体搬迁临港新城。学校原为交通运输部直属高校；2000年划归上海市管理。截至2020年12月，学校有临港校区（主校区）、港湾校区、民生路高恒大厦等3个校区，其中临港校区占地面积133万余平方米，总建筑面积60万平方米。
