安徽财经大学于1959年5月始建于合肥，时名为安徽财贸学院。
1961年迁址素有“珍珠城”美誉的淮河流域中心城市蚌埠，校址设在交通路。1983年，校本部迁至龙湖西校区。学校先后隶属于中华全国供销合作总社、商业部、国内贸易部。
2000年2月，国务院决定，安徽财贸学院实行中央与地方共建，以安徽省政府管理为主。
2004年5月，经教育部批准，学校更名为安徽财经大学；同年9月，学校迁入龙湖东校区。学校是一所以经济学、管理学、法学为主，跨文学、理学、工学、艺术学七大学科门类的多科性财经大学，是我国首批具有学士学位授予权、第三批具有硕士学位授予权的高校，是安徽省重点建设的大学和安徽省人民政府与中华全国供销合作总社共建高校。
2012年获批国家中西部高校基础能力建设工程；
2014年入选安徽省地方特色高水平大学建设项目。
