截至2019年10月，防城港市辖2个市辖区（港口区、防城区）、1个县（上思县），代管1个县级市（东兴市）。
1、港口区位于中国大陆海岸线的西南端，处于中国–东盟自由贸易区、泛珠三角经济圈和广西壮族自治区北部湾经济区的结合部。南濒北部湾，东邻粤港澳，西与越南隔海相望，全区总面积378平方公里，港口区三面环海，地理位置十分优越。截至2019年10月，港口区辖2个街道、3个镇。
2、防城区地处中国南疆北部湾畔，地处防城港市中心位置，北通南宁，南至防城港，东接钦州，西南达中越边关东兴，与越南山水相连，海岸线长130多公里，有200多公里边境线，峒中等4个乡镇与越南接壤。南防铁路、钦防高速公路贯穿境内。截至2019年10月，防城区辖7个镇、3个乡、3个街道办：大_镇、华石镇、那梭镇、那良镇、峒中镇、茅岭镇、江山镇、扶隆乡、滩营乡、十万山瑶族乡、珠河街道办、文昌街道办、水营街道办。
3、上思县地处广西壮族自治区西南部，坐落在风景绮丽的十万大山北麓，与宁明县、扶绥县、钦州市相邻。县城距离广西首府南宁市仅100公里，南宁国际机场75公里，距广西最大的海港防城港116公里，距中国边境重镇东兴市130公里，为防城港市唯一市辖县。总面积2816平方公里。截至2019年10月，思县辖2个镇、6个乡（其中1个民族乡）：思阳镇、在妙镇、叫安乡、华兰乡、南屏瑶族乡、平福乡、那琴乡、公正乡。
4、东兴市地处广西壮族自治区南部，东兴既沿边、沿江又沿海，是中国陆地边境线起点、海岸线终点的交汇城市，与越南北部最大、最开放的芒街口岸经济特区仅一河之隔。区域面积590平方公里。截至2019年10月，东兴市下辖东兴镇、江平镇、马路镇。市人民政府驻东兴镇。
