在部队自主择业的干部，工资超过个人所得税法规定的起征点时是需要扣个人所得税的，但是退伍金是不征收个税的。
只有部队自主择业的干部从事个体经营或创办企业的，是可以3年内免征营业税和个人所得税。根据《关于自主择业的军队转业干部安置管理若干问题的意见》自主择业的军队转业干部申请从事个体经营或者创办企业，符合条件的，凭有关转业证件，工商行政管理部门应当优先办理。从事个体经营的，经主管税务机关批准，自领取税务登记证之日起；3年内免征营业税和个人所得税。对为安置自主择业的军队转业干部就业而新开办的企业，凡安置自主择业的军队转业干部占企业总人数60%(含60%)以上的，经主管税务机关批准，自领取税务登记证之日起；3年内免征营业税和企业所得税。自主择业的军队转业干部须持有师以上部队发给的转业证件，税务机关对此进行相应的审核认定。
