签署纸质三方协议的流程通常分为以下几个步骤：
1. 协商讨论：三方各方首先进行协商和讨论，明确协议的内容、条款和各方的权益。
2. 起草协议：一般由专业的法务人员根据各方协商的结果起草协议文本。协议应包括背景介绍、定义条款、各方权益和责任、违约和争议解决方式等内容。
3. 交换初稿：法务代表将起草好的协议文本发送给各方进行审阅。
4. 修改和确认：各方对协议内容进行审阅和修改，提出意见和建议，通过讨论和协商达成一致意见。
5. 最终稿和签名：在各方达成一致的基础上，法务代表根据修改后的协议文本起草最终版本。各方确认无误后，在合适的地点和时间进行签字、盖章等形式的正式签署。
6. 存档和分发：签署完成后，将协议存档并分发给各方，以备后续使用。需要注意的是，流程可能会因不同企业、合作方、协议类型和具体情况而有所不同，上述步骤仅供参考。在实际操作中，合理灵活地调整流程，确保协议的合法性和各方的权益是非常重要的。
