旗与县是同一个行政级别，旗是内蒙古特有的县级行政区。
至于为什么不改叫县，这与蒙古的盟旗制度有关。而现在的旗，只是个称谓。
1、相关称谓不同。内蒙古地区的地县级单位，不像其他省市自治区称之为“地区”、“县”等，也不像其他民族自治地方称之为“自治州”、“自治县”，而称为“盟”、“旗”和“自治旗”。这些行政区名称源自清朝时期的“蒙旗制度”。
2、历史根源不同。盟旗制度从清朝初年形成，一直延续到中华民国时候。1947年，内蒙古自治区成立，民族自决权得以实现。新中国成立以后，党和国家对内蒙古的行政区划进行了重新的调整，虽延用了原有盟旗名称，但与旧的盟旗制度完全不同，特别是随着民族区域自治制度的实行，盟旗成的自己当家作主的行政机构。而其他诸省份也很多沿用了旧有的县市划分，少数民族自治区域也有“自治州”、“自治县”的称谓。
3、主体民族不同。内蒙古的主体民族以蒙古族为主，旗的称呼更符合当地的文化传统，利于民族团结，保证民族的文化。而其他诸省份亦是这个道理，例如各少数民族自治州和内陆省份。
