通常情况下，越级管理的弊端至少体现在以下四个方面：
1. 破坏组织中正常的指挥链和信息链。
责权分明的层级结构已经规定了在组织内部信息传递和沟通的一个正式渠道，各种沟通都应该按照层次逐级进行，每一级向上一级报告并接受其命令，又向下一级发出命令并接受其报告。越级管理的出现无疑破坏了信息链的完整性和命令的统一性，易造成多头指挥的混乱局面。
2.使组织内部职责不清。在金字塔形的组织结构中，高层领导主要负责原则性、方向性的重要工作，中层领导负责日常工作的正常运转，基层人员负责具体的工作细节。如果一些本该在中层或基层就能够解决的问题，一定要高层领导出面才能解决，势必影响正常的工作程序，造成组织内部的职责不清，资源的严重浪费。
3.削弱被越级者的责任感。从另外一个角度来看，越级管理的频频出现会架空中间层的管理，使被越级的中间层管理者产生挫败感，影响其威信，使其逐渐失去对问题的判断能力，不愿决策，乃至对上级产生抵触或依赖心理。
4.在组织内部形成不良风气。无论是越级指挥还是越级报告，如果纵容其存在，久而久之就会在组织内部形成越级怪圈，下级期望通过越级报告来获得晋升，上级习惯用越级指挥来显示权威，从而破坏良好的工作秩序和协作氛围。由此可见，越级管理是组织管理混乱造成的，同时也是造成组织管理更加混乱的根源之一。
