R （至少）有三个各自独立的对象系统。
S3 和 S4是S语言的不同版本，S3实现了基于 generic function 的面向对象。S4加入了正式的 class definition 等一套机制，使其更为严格。R5 （reference class）是一种message passing OOP，更像 Java。大部分基本统计方法和类 （stats 包）是用 S3 写的，Bioconductor 是 S4 的。但 R 的编程（指的是统计分析时的编程，而不是开发时的编程）是非常简单直观的，普通用户不需要特别在意面向对象这件事。
