京都大学的前身是1869年5月建立的第三高等学校。
1897年第三高等学校的法学部及工学部变成京都帝国大学，第三高等学校改设大学预科。同年理工科大学、1899年法科大学以及医科大学、1906年文科大学建立。(当时帝国大学不设学院而是下设分科大学)大约20年后这些分科大学改称学部(学院之意)。在第二次世界大战后的学制改革中，第三高等学校剩余的部分(大学预科)并入京都大学。本部所在地围左京区吉田本町。1892年；23位国会议员在向国会提出的一个议案中提出，日本仅有一所东京国立大学，缺乏竞争，对办学和学生的培养都不利，建议在当时的西京-京都建一所大学，1897年议案被通过，大学得以诞生，当时定名为京都帝国大学。
