南通没有本一院校，南通最好的大学就是南通大学（Nantong University），简称“通大”，位于江苏省南通市，学校是江苏省人民政府和交通运输部共建的综合性大学。
南通大学是江苏省十五所重点建设大学成员，国家“卓越医生教育培养计划”、“卓越教师培养计划”试点高校，教育部本科教学工作水平评估优秀学校，首批江苏高水平大学建设培育支持高校，全国首批硕士和学士学位授予单位，博士学位授予单位，全国普通高等学校毕业生就业工作先进集体，全国高等学校创业教育研究与实践先进单位。学校始建于1912年，源自近代著名实业家、教育家、政治家张謇先生创办的私立南通医学专门学校和私立南通纺织专门学校。
2004年5月经教育部批准，原南通医学院、南通工学院、南通师范学院三所省属公办本科院校合并组建新的南通大学。
