药学专业是该学院的主力专业、王牌专业，师资力量强大，行业需求旺盛，社会评价很好。
山西药科职业学院药学系设有药学、药品质量与安全、化学等3个教研室，设有药学、药品质量与安全、药学等3个高职专业，其中药学专业为省级特色专业、省级实训基地建设专业、现代学徒制改革试点专业，药品质量与安全专业为中央财政支持专业、省级教学改革试点专业、山西省骨干专业。药学系现有专职教职工44名，在校生2800余名。
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