甘兰州矿产勘查院原名甘肃有色地质勘查局一〇六队，是新中国组建较早的一支地质队伍。
1953年12月30日成立于辽宁省丹东市，为东北人民政府工业部有色金属管理局钻探公司下属钻探队。1955年3月7日命名为重工业部地质局沈阳地质勘探公司一○六队。1964年4月1日，奉命调往吉林省磐石县红旗岭参加会战，划归吉林有色金属勘探公司管理。1965年2月，奉命赴陕西省商县参加会战，隶属冶金部西北冶金地质勘探公司。1971年5月甘肃冶金地质勘探公司成立后，改由甘肃公司管理，1973年９月10日更名为甘肃省冶金地质勘探公司一队；1977年４月恢复一○六队名称，更名为甘肃省冶金地质勘探一○六队。1983年中国有色金属工业总公司成立后，更名为甘肃有色金属地质勘探一○六队，1990年２月更名为甘肃有色地质勘查局一○六队。
2000年7月实行属地化管理。
2011年10月经省编办批准更名为甘肃省有色金属地质勘查局兰州矿产勘查院。兰州矿产勘查院及下属106地质勘查工程有限公司通过了国家认证认可协会GB/T19001-2016 idt ISO9001-2015质量管理体系、GB/T24001-2016 idt SO14001-2015环境管理体系、GB/T28001-2011 idt OHSAS1800-2007职业健康安全管理体系的三标管理体系认证，各类专业项目业务的质量、职业健康安全、环境保护过程管控良好。资质建设方面，现有各类资质21个，其中甲级10个—区域地质调查、固体矿产勘查、地质钻探、地质实验测试（岩矿测试）、地质灾害危险性评估、地质灾害治理工程勘查、地质灾害治理工程设计、地质灾害治理工程施工、环境污染防治工程（水污染防治、固体废弃物处理处置（不含危废）、生态修复、环境规划编制与调查）、环境工程设计（水污染治理、固体废弃物处理处置、生态修复）；乙级9个—岩矿鉴定，水工环地质调查、液体矿产勘查，地球物理勘查、地球化学勘查、地质灾害治理工程监理、建设项目水资源论证、水文水资源调查评价、测绘；丙级1个—土地规划，施工资质一个-—模板脚手架专业承包。我院中心试验室2018年度入选农业农村部全国土壤调查重点实验室名录。人员配置方面，截止2018年12月，全院共有在职职工364人，各类专业技术人员287 人，其中正高级职称1人，高级职称68人，中级职称124人。
