黑龙江省地处黑龙江、松花江、乌苏里江和绥芬河四大水系组成的黑龙江流域。
黑龙江省，河流纵横，虎帕奇异，流域面积在50平方公里以上河流就有1918条黑龙江的主要通航河流有黑龙江、额尔古纳河、乌苏里江、松花江、嫩江、第二松花江、牡丹江等。
2006年全水系通航里程8 244千米，其中二级航道996千米，三级航道967千米，四级航道1 749千米。黑龙江水系的河流一般在每年的10月中旬和11月下旬封冻，次年4月中旬和5月中旬解冻。水系在中国境内的主要港口有松花江干流的哈尔滨、佳木斯、同江港，黑龙江的黑河港，嫩江的大安港等。
2006年，全水系货运量为1 387万吨
