1、两者公开度不同行政机关办公室发文文件一般不对外不对社会公开；而行政机关发文名义一般都是公开的，甚至是能上报纸的，给社会全体人看的。
2、效力范围不同行政机关发文发文件通常是代表政府的，对辖区内所有单位有效力；行政机关办公室发文有时候只是对辖区的某个单位有效力，政府办公室指国家政府机关中的一项综合办事机构，主要职能是上传下达。
3、两者发文对象不同行政机关发文的对象是政府以外特定的其他单位或个人，或者特定范围的全社会，这样以某某政府的名义就可以了；而行政机关办公室发文的对象是政府内的其他下属单位，如果只是对内发文，就要以政府办公室的名义。
