1、占地面积不一样：广州校区分为南校园、北校园和东校园，占地面积分别是1.208平方公里、0.203平方公里和0.989平方公里。
深圳校区占地面积3.217平方公里。
2、院系设置不一样：广州校区南校园设有中国语言文学系、历史学系、哲学系、社会学与人类学学院、博雅学院（人文高等研究院、通识教育部）、岭南学院、外国语学院、管理学院（创业学院）、马克思主义学院、数学学院、物理学院、化学学院、地理科学与规划学院、生命科学学院、逸仙学院、体育部。深圳校区先期开设医学院、公共卫生学院（深圳）、药学院（深圳）、生物医学工程学院、材料学院、电气与通信工程学院、智能工程学院、航空航天学院、海洋工程与技术学院等。
3、建设情况不一样：广州校区和珠海校区都已经建设完成了，深圳校区位于深圳市光明新区，正在建设中，还未建设完成。
