一、适用范围不同标准工时工作制适用于在中华人民共和国境内的企业、个体经济组织和与之形成劳动关系的劳动者，国家机关、事业组织、社会团体和与之建立劳动合同关系的劳动者。
综合计算工时工作制适用于：
1. 交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊，需连续作业的职工；2.地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工；3.因受季节条件限制，淡旺季节明显的瓜果、蔬菜等食品加工单位和服装生产，以及宾馆、餐馆的餐厅和娱乐场所的服务员等；4.市场竞争中由于外界影响，生产任务不均衡的企业的部分职工；5.其他适合实行综合计算工时工作制的职工。不定时工时制适用于：
1. 企业中的高级管理人员、外勤人员、推销人员、部分值班人员和其他因工作无法按标准工作时间衡量的职工；2.企业中的长途运输人员、出租汽车司机和铁路、港口、仓库的部分装卸人员以及因工作性质特殊，需机动作业的职工；3.企业的消防和化救值班人员、值班驾驶员；4.其他因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，适合实行不定时工作制的职工。
二、工作时间不同标准工时工作制的工作时间为每日工作不超过8小时、每周工作不超过40小时，综合计算工时工作制可以以周、月、季、年等为周期，年工作日为365-104-11=250天，季工作日为250/4=62.5天，月工作日为250/12=20.83天，周工作日为5天，日工作时间为8小时。不定时工时制不受每日不超过8小时、每周不超过40小时的限制，但是企业应当根据标准工时制度合理确定劳动者的劳动定额或其他考核标准，以便安排劳动者休息，对于符合带薪年休假条件的不定时劳动者，企业可安排其享受带薪年休假。
三、加班时间不同标准工时工作制加班一般每日不得超过1小时；因特殊原因需要延长工作时间的，每日不得超过3小时，但是每月不得超过36小时。综合计算工时工作制下如果只是该综合计算周期内的某一具体日（或周、或月、或季）超过法定标准工作时间，其超过部分不应视为延长工作时间，如果综合计算周期内的总实际工作时间超过总法定标准工作时间，超过部分应视为延长工作时间。实行综合计算工时工作制，对于第三级以上（含第三级）体力劳动强度的工作岗位，劳动者每日连续工作时间不得超过１１小时，而且每周至少休息一天。实行不定时工作制的职工，除了法定节假日外，均不视为加班。
四、休息休假待遇不同
