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学校拥有水产、海洋科学、生物学、食品科学与工程4个博士学位授权点、还有14个硕士学位授权点。另外，“水产”被国家列为“双一流”建设学科，“水产养殖学”是国家重点学科。
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上海海洋大学的一类专业具体包括：港口规划与维护专业，汉语言文学专业，对外经贸专业和商务英语专业，这四个一类专业属于海洋大学的王牌专业。
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