安徽农业大学和安徽理工大学在院校历史、专业设置等各有优势，如果您倾向于农业或者生物科学领域，并且希望在一个充满历史气息和科研实力强大的学校学习，可以选择安徽农业大学的农学或生物科学专业。
如果您更倾向于理工科学科，希望在具有深厚工科背景和优秀教育资源的学校接受教育，可以选择安徽理工大学的工程科学或矿业工程专业。详细对比如下：
1. 院校历史：安徽农业大学的历史可以追溯到1928年，经历了多次更名和改制，其农学院是在1935年成立的，表明其在农业教育和研究领域有深厚的历史积淀。而安徽理工大学创立于1945年，是安徽省第一所工科高校，这标志着其在工科领域有着丰富的历史和教育经验。
2.地理位置：安徽农业大学坐落在合肥市中心城区，这可能为学生提供更多的生活和实习机会。安徽理工大学位于安徽省淮南市，地理位置略有不同，但也有其独特的优点。
3.特色专业和优势学科：安徽农业大学拥有4个ESI前1%学科，是农业农村部、国家林业和草原局与安徽省人民政府共建的重点大学，农学和生物科学等专业表现出色。而安徽理工大学则是工科类专业实力强大，特别是矿业工程，是与应急管理部共建的高校，表现了其在理工科研究上的优势。
4.科研实力：两所学校都有良好的科研环境，安徽农业大学有5个博士后科研流动站，8个一级学科博士学位授权点。安徽理工大学拥有6个博士后科研流动站；6个一级学科博士点，显示了两校的科研实力。
