东南大学的校本部在江苏省会南京。
五个校区分别是四牌楼校区、丁家桥校区、九龙湖校区，苏州校区和无锡校区。它肇始于1902年创办的三江师范学堂，最早的校区，就是四牌楼校区，座落于南京市区，东枕钟山，西邻钟鼓楼，北临玄武湖，珍珠河纵贯其间，山湖相映，万木竞翠，环境优美。 除了四牌楼校区、丁家桥校区、九龙湖校区外，这里着重要提及到的还有两个校区。那就是苏州校区和无锡校区。 东南大学的苏州校区。作为江苏省仅有的两座985工程和211工程双料大学之一，东南大学，不仅在南京有校区，在江苏另一大城市苏州也早有布局。在2005年10月份的时候，东南大学，便已经在苏州建立了苏州研究院。 大家现在看到的所谓共建的苏州校区，其实，是在东南大学苏州研究院、东南大学软件学院（苏州）、东南大学国家大学科技园（苏州）、东南大学-蒙纳士大学苏州联合研究等在苏机构的基础上，转设的东南大学苏州校区。它坐落于风光秀美、景致典雅的苏州工业园区独墅湖科教创新区，占地超过100多亩。苏州有着很好的产业基础，而东南大学有着很好的学术研究基础，东南大学布局苏州，很明显是强强联合。 所以，为进一步推动东南大学在苏州的办学，于是便有了我们在近期看到的东南大学与苏州工业园共建东南大学苏州校区的消息。东南大学的无锡校区。事实上，东南大学不仅在苏州有校区，在江苏的另一座城市无锡，同样也早有分校。东南大学无锡分校，甚至比苏州校区还要早，它创建于1988年4月。
2006年的时候，无锡市还无偿提供200亩土地给东南大学，按照分校发展需要，支持东南大学建设新校区。如今，东南大学无锡校区，就位于风景优美的无锡高新区太湖国际科技园内，其集成电路工程、信息工程、电子科学与技术、软件工程，是该校区办学特色。因此，从整体上说，东南大学目前主要有五个校区，其中南京有三个校区，无锡和苏州各有一个校区。
