太湖流域湖泊面积3159km2（按水面积大于0.5km2的湖泊统计），占流域平原面积的10.7%，湖泊总蓄水量57.68亿m3，是长江中下游7个湖泊集中区之一。
流域湖泊均为浅水型湖泊，平均水深不足2.0m，个别湖泊最大水深达4.0m流域湖泊以太湖为中心，形成西部洮滆湖群、南部嘉西湖群、东部淀泖湖群和北部阳澄湖群。流域内面积大于10km2的湖泊有9个，分别为太湖、滆湖、阳澄湖、洮湖、淀山湖、澄湖、昆承湖、元荡、独墅湖。太湖是流域内最大的湖泊，也是流域洪水和水资源调蓄中心。太湖湖区面积3192km2，其中水面积2338km2，岛屿面积89km2，湖岸山丘地面积765km2。西部山丘区来水汇入太湖后，经太湖调蓄，从东部流出。太湖出入湖河流228条，环湖河道多年平均入湖水量80.94亿m3，多年平均出湖水量88.97亿m3，多年平均蓄水量44.28亿m3。
