1、性质不同： 农村商业银行是股份有限公司区域金融机构，农村信用社是股份合作制企业的地方金融机构。
2、发起人不同： (1)农商行是由辖内农民、农村工商户、企业法人和其他经济组织共同入股组成的股份制的地方性金融机构，目前一般都是由有一定实力的企业发起成立。
(2)而农村信用社是由辖内农民、农村工商户、企业法人和其他经济组织共同入股组成的股份制的地方性金融机构。
3、管理方式不同： 信用社实行社员民主管理,而农村商业银行以股东大会作为最高管理机构。
4、监管部门不同： 商业银行主要受银监会监管，而信用社作为省联社的发起人却主要受省联社监管。
5、规模实力不同：一般来讲农商银行与农信社相比，农商行规模更大、更具实力。
