福建省海洋与渔业局上级管理部门分为两类：一、上级行政主管单位是省政府。
二、上级业务主管部门又分为两个：
1. 国家自然资源部。
2.农业农村部福建省海洋与渔业局是福建省人民政府的组成部分之一。国家海洋局的历史变革：2018年3月，根据第十三届全国人民代表大会第一次会议批准的国务院机构改革方案。
1、将国家海洋局的职责整合，组建中华人民共和国自然资源部，自然资源部对外保留国家海洋局牌子。
2.将国家海洋局的海洋环境保护职责整合，组建中华人民共和国生态环境部。
3.将国家海洋局的自然保护区、风景名胜区、自然遗产、地质公园等管理职责整合，组建中华人民共和国国家林业和草原局，由中华人民共和国自然资源部管理，不再保留国家海洋局。
