一、结构不同：分子是由组成的原子按照一定的键合顺序和空间排列而结合在一起的整体，这种键合顺序和空间排列关系称为分子结构。
由于分子内原子间的相互作用，分子的物理和化学性质不仅取决于组成原子的种类和数目，更取决于分子的结构。原子指化学反应不可再分的基本微粒，原子在化学反应中不可分割。但在物理状态中可以分割，原子由原子核和绕核运动的电子组成。原子是由电子、质子、中子（氢原子由质子和电子构成）构成。
二、物理性质不同一切构成物质的分子都在永不停息地做无规则的运动。温度越高，分子扩散越快，固、液、气中，气体扩散最快。由于分子的运动跟温度有关，所以这种运动叫做分子的热运动。例如：天气热时衣服容易晒干，一般分子直径的数量级为10^-10m。分子很小，但有一定的体积和质量。原子的质量非常小，不停地作无规则运动。原子间有间隔，同种原子性质相同，不同种原子性质不相同。每一种元素都有一个或多个同位素拥有不稳定的原子核，从而能发生放射性衰变，在这个过程中，原子核可以释放出粒子或电磁辐射。
三、化学性质不同分子有一定的大小和质量；分子间有一定的间隔；分子在不停的运动；分子间有一定的作用力；分子可以构成物质,分子在化学变化中还可以被分成更小的微粒：原子.分子可以随着温度的变化，在3态中互相转换。原子核外分布着电子电子跃迁产生光谱，电子决定了一个元素的化学性质，并且对原子的磁性有着很大的影响。所有质子数相同的原子组成元素，每一种元素至少有一种不稳定的同位素，可以进行放射性衰变。
