1. 定义不同：益生菌菌株是指某一种菌群中具有特定遗传特征的一组单元体，可以通过基因分型等手段进行鉴定；而益生菌菌种则是指同属于一个科、属，具有相似形态、结构和生物学特性的一组细菌种类。
2. 特征不同：益生菌菌株在遗传水平上具有独特的基因组序列和表达方式，它们可能表现出不同的生长速率、代谢途径和对环境因素的响应；而益生菌菌种则通常具有相似的形态特征，如形态、大小、颜色等，并能够通过培养方法和生化检测方法进行鉴定。
3. 应用范围不同：益生菌菌株在医学、农业、环境等领域中都有应用价值，可以被用来治疗多种疾病、增强动物健康或改善土壤质量；而益生菌菌种则主要应用于食品工业中，如发酵制作乳制品、腌制食品等。
4. 鉴定方法不同：益生菌菌株可以通过分子生物学技术（如PCR扩增、序列分析）进行鉴定，也可以通过传统的培养技术和形态观察方法进行鉴定；而益生菌菌种则通常需要经过多个鉴定阶段，包括形态观察、代谢特性检测等。
