性质不同、结构不同和特点不同。
1、性质不同。花芽：维管植物中尚未充分发育和伸长的枝条或花。叶芽：叶芽leafbud，亦称“营养芽”，指能发育成枝和叶的芽。
2、结构不同。花芽：花芽由未发育的一朵花或一个花序组成，其外面也有鳞片包围；芽体肥厚，多数芽尖歪斜，鳞片光亮无茸毛。其内部特征与顶花芽相似，只是嫩圆球较小而稍扁，小圆球数量少。叶芽：叶芽的结构芽包括芽轴、生长锥、叶原基、幼芽、腋芽原基、鳞片等，芽体直立，瘦瘪，颈部较粗。
3、特点不同。花芽：通常因花芽比叶芽粗而圆，所以外观上，多可与叶芽或花芽同叶芽混生的混合芽进行区别，但当芽还处于相当幼嫩时，则必须经解剖才能确定雄蕊或雌蕊原基的分化。叶芽：生长锥是中央顶端的分生组织，其周围的一些小突起就是叶原基，而其周围的大型突起就是将来要长成叶子的幼芽。
